Game bắt đầu vào năm 3029, với nhân loại và một số chủng loài ngoài hành tinh thân thiện vừa mới sống sót sau đợt tấn công dữ dội của những cỗ máy nano huyền bí, chỉ được biết đến với cái tên "Cleaners". Những cỗ máy này đã làm cho các hành tinh trong thế giới này (Planets) hoàn toàn không thể ở được và buộc những người sống sót phải sống trên các tàu và các trạm phát tán khắp không gian. Người chơi vào vai John Falcon, một kẻ phiêu lưu không gian gian manh, chỉ muốn sống theo kiểu "xuôi chèo mát mái". Trong suốt quá trình chơi game, người chơi gia nhập Taoists, một tổ chức nhằm mục đích triệt tiêu Cleaners và khám phá ra âm mưu đằng sau chúng.